目前农村自建房只要符合用地标准，收费只是收取建房申请相应的工本费用。农民在建房前，需要向当地的相关部门提交建房申请，经审核通过后，才能动工建房。
涉及到的工本费用方面有：《国有土地使用证书》工本费，其中普通证书每本5元，国家特制证书每本20元《房屋所有权登记证书》工本费，每本10元。在收取以上工本费时，相关工作人员会出具有关收费许可证，并开具相应的发票。
但是对于以下情况的自建房，也是需要缴费的：
1、占地建造的房屋
按照规定，农民只能够在村集体所分配的宅基地上建房，如果违规在家庭所承包的耕地、未开发的土地或是村集体建设用地建房的，将会被村集体勒令拆除。如果遇到特殊情况，不能拆除房屋，该房屋建造人要向村集体缴纳一定费用，并且违规建房占地最多不得超过200平米。
对于非耕地，按照每平方米10元的处罚标准进行对于耕地(旱地)，按照每平方米不得少于20元的处罚标准，耕地占用税照收对于耕地(水田)，按照每平方米不得少于30元的处罚标准，耕地占用税照收。
2、自建房超出了相关规定的范围
按照目前的规定，农民所拥有的宅基地面积不得超过每户200平米。但是由于很多农村的历史原因，一户多宅、宅基地超标的现象也是存在的。根据土地确权政策的规定，超占宅基地将被村集体收回，如果遇到特殊情况不能交还超占宅基地的，也需要按照相关规定缴纳一定费用。
农村自建房最新政策
1、在原有宅基地上建房(翻建房子或在已批的宅基地上建房)
根据相关规定，建房者需向村委会提出建房申请，并通过村民会议。提交原有宅基地的使用证明、户籍证明、自建房的施工图及方案图、村民委员会的书面意见等材料，在乡镇政府进行审批，下发乡村建设规划许可证后，才能建房。
2、重新申请宅基地建房
重新申请宅基地建房的流程与在原有宅基地上建房的流程是一样的，不过在乡镇政府初审通过后，还需报县住房城乡规划建设主管部门进行审查，审核成功后核发乡村建设规划许可证。
3、建造3层及以上楼房
农村个人建筑施工人员不得承揽3层及以上、建筑面积300平方米及以上或跨度6米及以上的农村住房建设，凡是达以上条件之一的，应当要委托建筑施工企业、劳务分包企业承担施工，并向乡人民政府申报，纳入工程质量监督。
4、宅基地有偿使用、有偿退出
有的省份正在实施农村宅基地有偿使用、有偿退出及农民自主管理政策，其实主要是针对宅基地的超面积使用现象，对与超出标准，但是已经开始建设的农村宅基地，对于确认超占的面积，要进行有偿使用。
5、自愿放弃建房或退出宅基地
对于符合申请宅基地建房条件，但自愿放弃自建房资格或者自愿退出宅基地的，国家将会给予一定的补偿和奖励。
以上就是关于农村自建房缴费标准的最新政策，农村自建房缴费的时候，只需要缴纳一定的工本费即可，除此之外的建房费用都是属于乱收费行为，农民朋友有权拒绝，还可以向当地的监管部门进行举报。值得注意的是，申请农村自建房的农民朋友，自申请批准之日起，2年内要完成建房，以免空置浪费，提高宅基地的使用效率，拆旧建新原则上在90天内完成。
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