帕米尔高原山体高大，平均海拔4500米以上，主要山峰均在6000米以上。西部塔吉克斯坦境内主峰共产主义峰海拔7495米，列宁峰7134米。东西部差异显著。
西帕米尔绝对高度和相对高度都很大纬向和经向山脉相互交错，地形复杂，具有高大山原的特点河网密度大，切割深，夷平面遭受破坏严重。
东帕米尔高原绝对高度较小，相对高度也较低，高原特征显著，谷地宽广。高原冰川广布，有1085条，面积8041平方千米。最长的费德钦科冰川长77千米。冰川湖泊众多，最大的喀拉湖面积383平方千米，最深236米。
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